我国对小曲的叫法各地不一，如酒药、酒饼、白曲、米曲等。小曲所含的微生物主要是霉菌和酵母菌。小曲糖化力比大曲强，繁殖快，酿酒用曲量少等特点。霉菌包括根霉、毛霉、黄曲霉、黑曲霉等，而主要的是根霉。根霉是藻状菌纲、毛霉目、根霉属单细胞微生物，菌丝没有横膈膜，借孢子囊孢子进行繁殖。
小曲中常见的根霉有河内根霉、米根霉日本根霉、爪哇根霉、华根霉、德式根霉、黑根霉、台湾根霉等，各种菌种之间主要是在适应性、生长特征、糖化力强弱以及代谢产物上有所差异。应用于生产小曲酒的根霉，要求生长迅速，适应力和糖化力强，具有一定的产酸能力；生产中最常用的菌株有河内根霉、白曲根霉、米根霉和Q303根霉等。其中河内根霉糖化力强，能生成乳酸等有机酸，酒化酶活力也高，是广泛使用的菌株；白曲根霉、米根霉糖化力强，产酸力高，有一定产酒力，多用于米糠制曲和散曲中；Q303菌株生长速度快，糖化力、产酸力比河内根霉更强，酒化酶活力较弱，性能稳定，是一株优良菌株。根霉能将粮食中淀粉结构中的α-1,4键和α-1，6键切断，使淀粉绝大部分转化为可发酵性糖。由于固态小曲酒生产系统是开放式的，因此给细菌的浸入创造了条件。如何减少细菌对生产的污染，是一个不可忽视的问题。浸入小曲酒生产的细菌绝大多数是杆菌，但发酵糟及配糟中却以球菌占优势，而发酵后期杆菌占统治地位，如乳酸菌而在小曲酒生产中，称“杂菌污染”的菌种主要是乳酸菌、醋酸菌、丁酸菌等，污染严重，可使培菌糟、发酵糟生酸量过大而影响产酒率和酒质。纯型乳酸菌多为嫌气性杆菌，生存乳酸菌能力强，而白酒生产的发酵糟多是异型乳酸菌（乳球菌），具有偏嫌气性或好气性，能将己糖转变成乳酸、酒精及二氧化碳。
醋酸菌是氧化细菌的重要菌种，在温度、时间等不同培养条件下，其形态差别很大，有球形、链球形、长杆形、短杆形等，它的产酸能力也很强，对酵母菌的影响很大；能将部分糖转化成酸，但一定量的酸对生香、控制生产有好处，过多则造成危害。但实际生产中不是醋酸不足，而是过剩。其次还有丁酸菌、己酸菌、粘液菌、枯草杆菌和放线菌等，生成的一些微量物质，可影响酒的风味，有的使材料发粘，曲料板硬，妨碍正常发酵等。根霉菌的主要特性根霉菌具有边生育、边糖化、边发酵的作用：我们的小曲酒生产一般都是将蒸好的原料拌入小曲，经过堆积、保温，使其培菌糖化，主要是起根霉和酵母菌扩大培养和部分糖化的作用。可以很少量的曲，而达到较高的糖化发酵能力，这主要是利用了边生育、边糖化，同时还边发酵的作用。此种菌的性能和生产方式是很独特的。
根霉适宜多菌混合培养环境：从混合培养上看，根霉和其他菌类相比具有一定的“共栖性”，这是根霉的一大优点。在下曲坯上，多种野生菌类“杂居”在一起，根霉却能“和平共处”，并在小曲中充当主力军；而曲霉的“共栖性”较差，不能在混合培养中旺盛生长。根霉具有一定的产酸能力：根霉产有机酸的能力比黄曲霉大得多。根霉菌株的产酸种类与该菌的生态分布有关，产乳酸者多自白酒曲中分离出，产延胡索酸者多从五谷中分离出。若发酵初期即产乳酸，则对形成乳酸乙酯有利，对形成小曲白酒风格有利。另外，保持酒醅一定的酸度，即可抑制杂菌生长。根霉所产的乳酸是L型的，能被人体及微生物直接利用。